En ce qui concerne la gestion, la démarche Natura 2000 prévoit la mise en place de deux éléments centraux qui constituent l’armature du système :
Le COmité de PILotage (COPIL)
Le Comité de pilotage est une instance de concertation présidée, pour les sites marins par le Préfet maritime, et co-présidée par les Préfets de département dans le cas de sites mixtes. Il réunit les représentants des services de l'Etat, des collectivités territoriales, des organismes experts, des associations, des usagers...
Son rôle est de suivre la mise en oeuvre du document d'objectifs et des mesures de gestion proposées en vue d'améliorer l'état de conservation du site.
La ou les structures opératrices, en charge des démarches sur le site (rédaction du document d'objectifs, communication, ...) sont désignées par le COPIL.
Le DOCument D'OBjectifs (DOCOB)
Equivalent à un plan de gestion, le Document d'objectifs (DOCOB) définit pour chaque site Natura 2000 un état des lieux, des enjeux et des objectifs de gestion. A partir de diagnostics écologique et socio-économique, il fixe les objectifs de développement durable et décline les mesures de gestion qui permettront de les atteindre. A ce titre, il constitue un document de diagnostic et d'orientation, établissant les modalités de mise en oeuvre des mesures de gestion.
Ce sont les structures opératrices qui ont en charge l'élaboration du DOCOB, en concertation avec les membres du COPIL et les acteurs locaux régulièrement réunis en groupes de travail.
A terme, la validation de ce document d'objectifs revient au COPIL et à son ou ses présidents. Une fois le document approuvé, une structure animatrice est désignée pour veiller à la mise en oeuvre des actions et mesures de gestion inscrites dans le DOCOB.